¿Debo cobrar IVA al vender repuestos de mi maquinaria agrícola?

Sí. La tasa del 0% a la maquinaria y equipo agrícola, ganadero o de pesca aplica solo cuando se enajenan completos [LIVA 2-A]. Por eso, según el criterio del SAT, quien enajene refacciones para esa maquinaria debe trasladar y pagar el IVA a la tasa del 16% [SAT 99]. El Reglamento amplía la tasa del 0% a equipos con denominación distinta, pero únicamente cuando su función sea exclusivamente la prevista en la ley y no puedan destinarse a otros fines, lo cual no cubre refacciones sueltas [RLIVA 9]. Los artículos que encontré no indican si tu caso particular tiene alguna otra particularidad que cambie este tratamiento.