¿Los bonos que le pago a mis empleados mediante un tercero son deducibles del ISR y me permiten acreditar el IVA?

No. Según el criterio del SAT, los bonos, incentivos, comisiones o compensaciones complementarias entregados a trabajadores a través de terceros son una práctica que la autoridad considera indebida: no tienen el tratamiento de ingresos exentos, las cantidades pagadas a los terceros no son deducibles y tampoco es acreditable el IVA que se traslade por esos pagos [SAT 170].

Esto es coherente con la lógica general: el IVA solo es acreditable si el gasto es deducible para ISR, de modo que al no ser deducible el pago, tampoco se acredita el IVA [SAT 44]. Además, la deducción exige que los gastos sean estrictamente indispensables y estén bien comprobados [SAT 142].

Si pagas los bonos directamente al trabajador como remuneración por servicio personal subordinado, el tratamiento sería distinto, pero los artículos que encontré no desarrollan ese supuesto completo (por ejemplo, requisitos de nómina y retenciones), así que no puedo confirmarlo aquí. Para tu caso concreto conviene revisarlo con un contador.