¿Me pueden aplicar una multa más baja si la sanción se redujo después de que cometí la infracción?

Sí, pero con límites. Si la multa de una misma conducta se modifica por una reforma posterior, la autoridad aplica la menor entre la vigente cuando cometiste la infracción y la vigente cuando se te impone [CFF 70].

El criterio del SAT aclara que, en general, la multa se determina con el precepto vigente cuando ocurrió la conducta, aunque se imponga después. Además, este beneficio solo opera conforme a la ley vigente: la autoridad no puede modificar la sanción una vez que ya te fue notificada, aunque después una reforma establezca una sanción menor [SAT 12].

Los artículos no incluyen el final del criterio sobre qué pasa cuando la reforma suprime por completo la infracción, así que no puedo confirmarlo.