¿Me pueden dar facilidades de pago si pagué el impuesto sin haberlo cobrado a mis clientes?

Sí, según el criterio oficial del SAT. Si no trasladaste el IVA o el IEPS en la operación y lo pagas directamente con tu patrimonio, no quedas impedido para solicitar el pago a plazos del artículo 66 del CFF ni la reducción de multas y recargos del artículo 70-A del CFF [SAT 120]. La razón es que esos beneficios se excluyen para contribuciones trasladadas o recaudadas, pero el contribuyente debía hacer el cobro o cargo a quien recibe el bien o servicio, y si no lo hizo debe pagar con su propio patrimonio [SAT 120][LIVA 1].

La RMF 2.14.2 regula este caso: la autoridad verifica que las contribuciones no fueron trasladadas y que las pagarás directamente con tu patrimonio, y la solicitud se presenta con las fichas 55/CFF (parcialidades o pago diferido) o 58/CFF (reducción de multas y recargos por prórroga) [RMF 2.14.2]. Si no cubres el crédito en los plazos fijados, se revoca la autorización o no surte efectos la resolución del 70-A, y se cobra el saldo insoluto actualizado mediante el procedimiento administrativo de ejecución [RMF 2.14.2]. Si te autorizan la reducción de multas, debes pagar la totalidad de las contribuciones omitidas, su actualización y accesorios dentro de los quince días posteriores a la notificación de la resolución [RMF 2.14.2].

Además, el 70-A exige declarar bajo protesta que presentaste tus declaraciones de los tres últimos ejercicios y que no se te determinaron diferencias superiores al 10% en esos ejercicios [CFF 70-A]. Los artículos que encontré no detallan los demás requisitos de la RMF 2.14.2 (solo se ve parte) ni la decisión final, que corresponde a la autoridad.