¿Me pueden multar si cumplo una obligación después de que anulen la visita domiciliaria o requerimiento?

En principio no. Según el criterio del SAT, si la orden de visita o el requerimiento queda sin efectos por una resolución de recurso administrativo o una sentencia (nulidad lisa y llana o revocación), y después cumples la obligación omitida, el cumplimiento se considera espontáneo y no procede multa respecto del acto declarado nulo [SAT 13]. Esto parte de que el CFF excluye la espontaneidad cuando la omisión se corrige después de una orden de visita notificada o de un requerimiento o gestión de la autoridad [CFF 73].

Hay dos condiciones: que la autoridad no haya notificado una nueva orden de visita, requerimiento o gestión para verificar tu cumplimiento, y que en el recurso o juicio no se reconozca la legalidad de la orden, requerimiento o gestión; en ese caso, el criterio indica que la multa posterior sí podría imponerse [SAT 13]. El texto del criterio que tengo está cortado en esa última parte, así que no puedo confirmar el alcance exacto de ese supuesto.