¿Puedo solicitar la devolución del subsidio para el empleo que no logré acreditar?

Sí. Según el criterio normativo del SAT, es factible recuperar vía devolución el remanente de subsidio para el empleo que no se haya acreditado, porque el Decreto del 11 de diciembre de 2013 solo prevé el acreditamiento contra el ISR y no regula la diferencia que queda, la cual se recupera conforme al artículo 22 del CFF [SAT 62]. Ese artículo establece que las autoridades fiscales devuelven las cantidades que procedan conforme a las leyes fiscales, y pueden devolver una cantidad menor a la solicitada, en cuyo caso la parte no devuelta se considera negada, debiendo fundar y motivar la negativa [CFF 22].

Ten en cuenta que no es acreditable el subsidio si no se anotó de forma expresa y por separado en los CFDI de nómina entregados a los trabajadores [RMF 3.17.13]. Además, el acreditamiento de estímulos o subsidios solo procede hasta el monto de la contribución que efectivamente se deba pagar [CFF 25-A].

Los artículos que encontré no precisan el procedimiento, el formato ni los plazos específicos para solicitar la devolución del subsidio para el empleo, así que eso queda pendiente de verificar.