¿Se me cobra ISR si mi empresa me otorga una beca educativa y la concede a todos los empleados?

Por lo general no se paga ISR: el criterio del SAT, apoyado en el artículo 93, fracción VIII de la Ley, señala que las becas educacionales para los trabajadores o sus hijos son ingresos exentos cuando se conceden de manera general, de acuerdo con las leyes o por contratos de trabajo [SAT 59]. La generalidad se cumple cuando la prestación se concede a la totalidad de los trabajadores que se coloquen en el supuesto que dio origen al beneficio [SAT 59]. Ojo: si la beca se otorga a personas que asumieron la obligación de prestar servicios a quien la otorga, el Reglamento la considera ingreso por servicio personal subordinado [RLISR 166]. Los artículos que encontré no incluyen el texto completo del artículo 93 de la Ley, así que la exención depende de que tu caso encaje en lo que describe el criterio, y no puedo confirmar más detalles (por ejemplo, si existen límites) con estos artículos.