¿Se me cobra IVA por servicios de construcción de un invernadero hidropónico?

Sí, en principio se causa IVA. El criterio del SAT explica que la tasa del 0% para servicios independientes en invernaderos hidropónicos aplica solo cuando el servicio se presta en invernaderos que ya están constituidos como tales, y que no puede extenderse a los servicios para construir, habilitar o montar dichos invernaderos [SAT 104]. Por tanto, el servicio de construcción no queda en la tasa del 0%.

El IVA lo traslada el prestador del servicio, y se paga cuando se cobra efectivamente la contraprestación [LIVA 17]. En contratos de obra a precio alzado o por administración, el impuesto va a cargo del prestador, quien lo traslada al dueño de la obra [RLIVA 34].

Los artículos que encontré no establecen la tasa general aplicable (se entiende la general del 16%, pero no aparece en los textos dados) ni analizan si algún otro supuesto de exención o tasa 0% pudiera aplicar a su caso concreto. La exención de construcción de casa habitación no aplica a un invernadero, pues se refiere a inmuebles destinados a casa habitación [RLIVA 29].