Si importo mercancía y por un acuerdo comercial no pago el derecho de trámite aduanero, ¿tengo que incluirlo al calcular el IEPS?

No. Para calcular el IEPS a la importación se toma el valor utilizado para el impuesto general de importación, más las contribuciones y aprovechamientos que se tengan que pagar con motivo de la importación, salvo el IVA [LIEPS 14]. El criterio normativo del SAT aclara que, si por un tratado internacional se exenta el derecho de trámite aduanero, el monto de esa exención no se suma al valor de las mercancías, porque las disposiciones que se refieren a la base del impuesto son de aplicación estricta [SAT 126]. Los artículos que encontré no detallan los requisitos del tratado en particular, así que falta confirmar que la exención aplique efectivamente a tu operación.