¿Tengo que pagar ISR al vender mi casa si parte del terreno supera el límite de superficie permitido?

Probablemente sí, pero solo por la parte excedente. La exención del ISR por enajenar casa habitación aplica si la contraprestación no excede de setecientas mil UDIS y la operación se formaliza ante fedatario público [LISR 93]. El reglamento considera que la casa habitación comprende también el terreno que no exceda de tres veces el área cubierta por las construcciones [RLISR 154]. El criterio del SAT, apoyándose en esa regla, indica que si solo una parte de la superficie se destina a casa habitación, el ISR se paga únicamente por la parte que no corresponda a ella, y que al calcular el límite no se cuenta el área construida para fin distinto al habitacional [SAT 60]. Los artículos no detallan la fórmula para prorratear la contraprestación por el terreno excedente, así que eso no puedo precisarlo; además, si hay impuesto, se paga por operación el 5% sobre la ganancia ante la entidad federativa donde está el inmueble, acreditable contra el pago provisional [LISR 127]. Cabe notar que el criterio cita el artículo 129 del Reglamento, mientras que el artículo que se te proporciona es el 154 [RLISR 154].